Sono stati definiti i gironi dei campionati di serie B maschile, che inizierà il 3 febbraio 2007 e serie B femminile, che prenderà il via il 25 febbraio 2007. Quaranta squadre divise in 4 gruppi in B maschile e quarantatre squadre divise in 6 gruppi in B femminile.
 
B Maschile
 
Girone 1: RN Arenzano, CN Sestri, Futura Prato, Cagliaritana Nuoto, RN Nervi, SS Sturla, La Filanda delle Albisole, Lavagna 90, SS Mameli, GS Andrea Doria.
Girone 2: Torino 81, Piscine Vicenza, PN Trieste, GS Geas, Sport Management Verona, Coop Parma, ASD PN Brescia, Cus Milano, Vigevano Nuoto, Can. Milano.
Girone 3: Vis Nova, Vela Nuoto, Tolentino Nuoto, Basilicata Nuoto, Bari Nuoto, Payton Bari, Volturno SC, SC Tuscolano, Accademia di Salvamento, SC Flegreo.
Girone 4: Pol. Messina, Cus Palermo, WP Palermo, Ass. Caserta, AS Puntese, WP Nettuno, Oltremare Nuoto, Pol. Muri Antichi, PN Gnisci, SNC Napoli.
 
B Femminile
 
Girone 1: RN Camogli, GN Osio, Locatelli Genova, SS Nervi, Como Nuoto, Metanopoli, Chiavari Nuoto, Systema Leonessa Brescia.
Girone 2: PN Livorno, AS Nuoto Prato, PN Trieste, Mestrina Nuoto, Piscine Vicenza, Etruria Nuoto, IC Bentegodi Verona.
Girone 3: Acquachiara, AS Vesuvio, AS Nuoto 2000 Napoli, Invicta Nuoto Potenza, RN S. Fili, Nuotatori Salerno, Payton Bari, CN Posillipo.
Girone 4: AS Effegì, AS Brizz Nuoto, RN Catania, Igea Palermo, CSTI Caltagirone, ASD Sikla Nuoto, Blu Team Ct.
Girone 5: Dabliu Roma, Racing PN Roma, Nuotomania, RN Cagliari, Stella Maris Latina, Polia Roma.
Girone 6: Modena Nuoto, Idor Fermana, Lib. Perugia, Team Marche, CN Vela, Coop Parma, Osimo Nuoto.